Par ailleurs, la Commission européenne n’a pas cédé à l’Agence européenne de défense (AED) le contrôle des aspects économiques de la défense. Elle s’est particulièrement illustrée, à travers le Plan d’action européen pour la défense et le Fonds européen de défense, ce dernier empiétant clairement sur la mission de l’AED consistant à stimuler la recherche et développement en matière de défense.
La Commission européenne s’est donc progressivement imposée comme un acteur incontournable de l’Europe de la défense. Comme le souligne Fabian Terpan dans son essai « La relance du projet européen au-delà du contrôle des Etats »:
« l’idée que les institutions intergouvernementales exercent un contrôle sur le système institutionnel à tout stade du processus décisionnel est discutable. Plusieurs décisions ont partiellement échappé au contrôle des États, en particulier la rédaction de la Stratégie globale, largement influencée par le SEAE, ou le lancement du Fond européen de défense, qui doit beaucoup au travail de la Commission ».